Ncbiからsraファイルをダウンロードする方法
sra ファイル sra は sequence read archive のことで、NCBI から 次世代シーケンス データをダウンロードすると、このフォーマットである場合がある。これを FASTA に変換するには、NCBI から SRA Toolkit というものをインストールする必要が
2018年6月13日 single end sraファイルのダウンロードとマッピング（SRR6946223からSRR6946228までの連番の場合）（ターミナルから） anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/${srr::6}/${srr}/${srr}.sra . これ意図がわからないが単に for x in *.gz; do としない理由は何だろう？ for x in $(ls|grep \.gz$) ではファイル名に空白が含まれていると悲惨なことになりそうな気がする https://t.co/vCCi3AlKKd 細胞と抗体の名前付きでENCODEのeCLIPのデータをダウンロードする方法.
fastqファイルが欲しければsra-liteで良い。 Rocheの波形データを含むsffフォーマットが必要なら、sraから取得する。 さて、僕はsffはいらない。 fastqフォーマットが欲しい。 ということで、sra-lite からファイルをダウンロードした。
個人的には「Aspera Connect(GUI)を使ってブラウザからDLする」という方法が一番良いのではないかと思っています．ウェブブラウザからSRAを開いて目的のファイルをダウンロードすればURLを手打ちせずに済みますし，Aspera ConnectのGUI版では途中切断・復帰が可能です．GUI環境に限られるといった制限
メッセージ全体を実際には理解していませんが、「多くの.sraを1つの.fastqドキュメントにする方法」という特定の質問に関しては、答えは非常に簡単です。 通常の方法で関心のあるすべてのsraファイルから複数のfastqファイルを生成します。
2017/01/02
With release 2.9.1 of sra-tools we have finally made available the tool fasterq-dump, a replacement for the much older fastq-dump tool. As its name implies, it runs faster, and is better suited for large-scale conversion of SRA objects into FASTQ files that are common on sites with enough disk space for temporary files. SRAファイルのダウンロード先を取得して、wgetでまとめてダウンロードする。 esearch の -db オプションからさまざまなデータベース（SRA、 PubMed など）を指定でき、 -query オプションでIDなどをもとに検索を行うことができる。 その時、全配列を同時にblastにかけて結果をダウンロードする方法を知っていると便利です。一例ですが参考にしてみてください。 8/20 追記 NCBIのNucleotide blastに移動する。 Nucleotide blastを選択。 ウィンドウ下のファイルを選択、をクリック。 メッセージ全体を実際には理解していませんが、「多くの.sraを1つの.fastqドキュメントにする方法」という特定の質問に関しては、答えは非常に簡単です。 通常の方法で関心のあるすべてのsraファイルから複数のfastqファイルを生成します。 SRA tool kit はNCBIからダウンロード SRAファイルをfastqファイルに変換するにはbinの中のfastq-dump-A で出力するファイルの名前 NCBI SRAで公開されているデータをテストデータとして使うには、sraファイルをダウンロードした後、fastqファイルに変換する必要があります（注：fastqで公開されているものもあります）。 sra→fastq変換には、NCBIが提供しているSRA Toolkitに含まれるfastq-dumpを用います。 ・実行コマンド $ fastq-dump -A
2019/01/13
SRA形式のファイルで起こりうる問題 SRAファイル#を開いて編集することができない時、必ずしもお使いのコンピュータに該当するソフトウェアがインストールされていないわけではありません。また、Powerbuilder Applicationファイルの編集を阻害する他の問題が生じているのかもしれません。 で、ダウンロードしたgzファイルから、INDELのある行だけを抽出したファイルを作成することもできます。（"|"はパイプ、">"は出力のリダイレクトと呼ばれるもので、入出力の受け渡しに便利な表記法です。） 3)エクソームターゲット領域 2014/05/16 2020/07/09